1924’te kabul edilen Öğretim Birliği Kanunu ile medreselerin kapatılmasına rağmen Ulusal Eğitim Bakanlığı’nın (MEB) göz yumduğu medreselerin AKP devrinde yüksek din öğretimine de hâkim olduğu ortaya çıktı. Akademik araştırmalara nazaran, evvel medreselerden “icazet” alan mollalar, tarikat ve cemaatlerin ekonomik dayanağı ile din adamı olarak misyon alıyor.
Doğu ve Güneydoğu’daki medreselere yönelik birçok akademik çalışmada sosyolojik inceleme yapılmasına rağmen, MEB’in yasal süreçler için harekete geçmemesi dikkat çekti. Akademik çalışmalarda medreselerin dernek ve vakıflar formunda örgütlendikleri, Cumhuriyetin kurduğu ilahiyat fakültelerinin değil, medreselerde eğitim alan mollaların yüksek din eğitimini şekillendirdiği sonuçlar dikkat çekti. Ankara Üniversitesi’nde Abdusamet Kaya’nın “Medrese kökenli imamlar ile ilahiyat fakültesi mezunu imamların din anlayışlarının mukayeseli analizi” başlıklı doktora tezinde değişik değerlendirmeler yer aldı. Akademik çalışmadan dikkat çeken başlıklar şöyle:
Diyarbakır’da 20 medrese: Günümüzde Diyarbakır kent merkezinde, cami altlarında, apartman dairelerinde yahut medrese olarak inşa edilmiş müstakil yapılar formunda yaklaşık yirmi medrese bulunmaktadır. Büyük çoğunluğu resmi Kuran kursu olan bu medreselerin birkaç tanesi bayanlara yönelik olarak faaliyet göstermektedir. Bu medreselerden 2015 yılında yaklaşık doksan medrese talebesi icazet almış, birtakım dini kümeler kendi medreselerinden icazet alan öğrencileri için görkemli icazet programları düzenlemiştir.
Mollalar devlet takımında: Mollalık, ortalama 8-10 yıl süren ve yoğunlukla Arapça öğretimi merkezli bir medrese eğitiminden sonra icazetname alınarak kazanılan bir statüdür. Günümüzde mollaların büyük bir kısmı DİB bünyesinde imam-hatip, müftü, vaiz, Kuran kursu öğretmeni olarak çalışmaktadır. Araştırmanın yapıldığı devirde, Vilayet Müftülüğü’nden Diyarbakır’da 381 hocanın misyon yapmakta olduğu öğrenilmiştir. Mollaların sayısına yönelik resmi bir kayıt bulunmadığından, Diyarbakır’da misyon yapmakta olan imamların kaç adedinin medreseden icazetli olduğu tespit edilememiştir. Lakin, kamuoyunda “melle açılımı” (2012) olarak bilinen ve bakanlar heyetinin 7/15754 sayılı kararı ile açılan takımlara, icazet evrakı ile vazife müracaatında bulunup, resmi takımlara atanan imamların sayısının 51 olduğu tespit edilmiştir.
2000 ve sonrası: Cumhuriyetten sonra yasadışı sayılan medreseler, 2000’li yıllardan sonra devletle yakınlaşmış, birçoğu Kuran kursu ismi altında hem yasal meşruiyet meselesini aşmış hem de devletten maddi dayanak almaya başlamıştır. Devletin çeşitli açılımlarla medrese mezunlarını Diyanet takımlarına alması, medreselilerin devletle daha da yakınlaşmalarını sağlamıştır.
İlahiyatlar medreselere benzedi: Türkiye’de ilahiyatçıların modernist bir din anlayışına sahip oldukları halindeki genel yargı, ilahiyatın kuruluş hedefi bağlamında geçerli olsa da, şimdiki pratikler temel alındığında kelam konusu yaklaşım bütün ilahiyat topluluğunu açıklamaktan uzaktır. Modernist din anlayışı, Ankara ilahiyat dışındaki ilahiyat fakültelerinde pek tesirli olamamış, bu fakültelerdeki din anlayışı giderek halk dindarlığına daha fazla yaklaşmıştır. İçinde yer aldıkları toplumsal doku ve sahip oldukları beşeri sermayeden ötürü, taşra üniversitelerindeki ilahiyat fakültelerinde muhafazakârlaşma olgusunun daha bariz olduğu söylenebilir.